本所前身為花蓮師範學院數理教育學系，為了培育國小自然科師資、促進在職自然科教師的專業成長、培育科學教育研究人才與行政人才，在當年數理教育系的陳世輝主任與幾位具有科學教育專長的教授們費心籌設下，本所於民國86年8月獲准成立，當時稱為花蓮師範學院國小科學教育研究所，以培育國小的科學師資及研究人才、行政人才為宗旨。民國93年8月本所改名為科學教育研究所，將招生對象從國民小學自然科教師擴大到國中與高中的科學教師。

     本所招生管道有「甄試入學」及「考試入學」兩種方式。除了日間部研究所之外，本所在89學年度招收了第一屆暑期教學碩士班，91學年度及93學年度則招收週末教學碩士班。從95學年度起，本所奉准開辦第一屆博士班。教師員額部分，本所在86-90學年度只有三位專任教師，91-93學年度增為四位專任教師，94學年度起增為五位專任教師。